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在苹果操作系统上,我们可以从App Store下载各种软件。Linux操作系统有没有一个类似于App Store的平台,可以使我们非常方便的下载各种软件,而不用考虑各种依赖包的问题呢?答案当然是肯定的,就是我们今天要介绍的Bioconda。
要介绍Bioconda首先得介绍一下Anaconda:
Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,而Bioconda是Anaconda中专门用来管理生物信息学相关软件的channel。目前,Bioconda已经支持安装2700多种生物信息学相关的包。
Bioconda的主页
1.安装conda
要使用Bioconda,必须先安装conda,有两个版本可供我们选择:miniconda和anaconda。miniconda的体积较小,但是能满足正常的生物信息学使用,如果你的网速较慢或者硬盘空间较小,可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面,选择合适的版本进行下载和安装,此处以Python3.6版本为例:cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/
wget
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装完成后,重新登录或者source ~/.bashr,并将conda添加到环境变量PATH。
2.配置Chanels
在conda的迷人配置中,并不包含生物信息学软件源,所以需要把生物信息学相关的chanels添加到conda中:conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
3.添加国内源,解决下载慢的问题
Bioconda默认的chanel都在国外,下载软件非常缓慢,我们可以添加国内的chanel,以提高下载速度:conda config --add channels
conda config --add channels
conda config --add channels
4.使用bioconda管理生物信息学软件
安装bwa,默认安装最新版本
conda install bwa
conda search bwa
conda install bwa=0.7.12
conda list
conda update bwa
##卸载软件
conda remove bwa 或者
conda unistall bwa
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